В соответствии с совместным коммюнике Глав государств Центрально-азиатского региона Международный Фонд спасение Арала создан 4 января 1993 года решением глав государств ЦА. Учредителями Фонда являются Республика Казахстан, Кыргызская Республика, Республика Таджикистан, Туркменистан и Республика Узбекистан.  

26 марта 1993 года подписано «Соглашение о совместных действиях по решению проблемы Аральского моря и Приаралья, экологическому оздоровлению и обеспечению социально-экономического развития Аральского моря» где стороны сочли необходимым образовать на паритетной основе Межгосударственный Совет по проблемам бассейна Аральского моря.

В дальнейшем в 1997 году Главами государствами Центральной Азии была утверждена принципиально новая схема управления Фондом, которая существует по настоящее времени.

Основной целью создания МФСА явилось приостановление и смягчение последствий кризиса Аральского моря, информирование международного сообщества об этой катастрофе, привлечение средств пяти государств бассейна и международных организаций и доноров для улучшения экологической и социально-экономической ситуации в бассейне Аральского моря.

Благодаря активной деятельности Глав государств Центральной Азии, возглавляемый на ротационной основе, Фонд получил широкое признание и поддержку международного сообщества. Принятые в рамках МФСА Нукусская, Алмаатинская,  Ашгабадская и Душанбинская декларации, Дашогузское и Ташкентское заявления Глав государств Центральной Азии, Программы бассейна Аральского моря (ПБАМ-1, ПБАМ-2) и другие совместные документы заложили  основу для решения сложных вопросов оздоровления водохозяйственной ситуации в регионе.

За эти годы МФСА способствовал установлению качественно новых межгосударственных отношений в регионе, укреплению регионального сотрудничества, бесконфликтному разрешению сложных водохозяйственных проблем. МФСА и его институты: Правление, Исполнительный Комитет, Межгосударственная координационная водохозяйственная комиссия, Комиссия по устойчивому развитию и др. предпринимают меры, чтобы вопросы водораспределения, экологической безопасности, экономического развития решались на паритетной основе с учетом интересов каждой стороны. 

МФСА возглавляется Президентами Центрально-азиатских стран поочередно. В структуру Фонда входят Правление МФСА, Ревизионная Комиссия, Исполнительный Комитет (ИК) с его филиалами во всех странах Центральной Азии и Региональным Центром Гидрологии (РЦГ), Межгосударственная Координационная Водохозяйственная Комиссия (МКВК) с ее НИЦ, Секретариатом, БВО «Амударья» и БВО «Сырдарья»,  Межгосударственная Комиссия по устойчивому развитию (МКУР) с её НИЦ и Секретариатом.